为什么会有蓝眼睛？
因为，有蓝眼睛这个基因啊…… 这是人类的Y染色体微缺失导致的。人类男性的X和Y是一对同源染色体，而遗传时，一对同源染色体中一个片段丢失，就会形成一条异染色质片段的缺失。这个缺失是随机发生的，而且由于X染色体上基因数量远大于Y染色体上的基因，所以这种异常常常不会引起明显症状。 但是一旦是缺了负责合成眼睛色素的那部分基因后，就导致了蓝色眼珠——这就是“蓝眼睛”。虽然Y染色体基因本身大部分是没有功能的，但其中包含了一些调控基因的表达的序列，这些序列对于眼睛色素合成的起始是非常重要的。如果这些调控序列发生了突变，那么眼睛的色素合成就会受到影响。影响眼睛颜色的机理非常复杂（这里只讨论了颜色怎么形成的，并没有考虑光敏感问题）。简单来说就是，眼睛里的细胞可以合成两种有色分子——“视紫红质”和“核黄素阳离子复合物”。
其中，“核黄素阳离子复合物”是一种黄色的物质，但是需要加上一种酶——“腺苷酸环化酶”才能发挥作用。而“视紫红质”则是由另外一组酶系统合成的，能够发出红光和橙光。这两种有色分子都会受到氧原子状态的影响。 有色分子到了感光细胞后，会引发一系列反应，最终使细胞的信号传递发生错误，导致人看到东西。而如果缺少了“核黄素阳离子复合物”或者“视紫红质”中的任何一种，眼睛颜色就会发生变化。 至于，为什么会有人同时兼具这两种基因缺陷，从而导致深颜色的眼睛呢？ 因为这是基因突变的结果。
通常情况下，男性有两个X染色体，但是在精子形成的时候只有一个X染色体进入精细胞。而这个进入精细胞的X染色体往往带有遗传突变。而这种突变有可能来自于母亲（卵细胞已经携带了突变的X染色体），也有可能来自于父亲。 如果母亲的X染色体上有缺失，而父亲的X染色体上有突变，那么孩子就有可能会同时带有这两个异常。这样在遗传的时候，父亲带过来的突变就会转移到孩子的Y染色体上去，从而形成了蓝眼睛。
拥有一双蓝色的眼睛，大概是所有中国人的一个梦吧！蓝色的眼睛，不仅是华语电影里代表洋人的重要标志，同时也被我们想象为白人大兵性感标志之一。那么，人的眼睛是什么颜色的呢？为什么会是这种颜色的呢？为什么动物的眼睛五彩缤纷，而人类的眼睛基本只有黑色和蓝色这两大主要颜色呢？
如果把人的眼睛想象为一个光学系统的话，虹膜就是系统的关键部位。虹膜是一个具有放射性纹理的圆盘，上面有许多色素。光线通过虹膜时，虹膜可以调节瞳孔大小，改变进入眼睛的光线的强弱。在可见光谱中，蓝光的波长较短，散射较强。当光线进入眼睛时，如果虹膜中色素较少，厚而密的巩膜便会散射掉蓝光，从外面看进去，眼睛就是蓝色的；相反，如果虹膜中色素较多，大量蓝光被吸收，从外面看进去，眼睛就是黑色的。
根据遗传学中的连锁遗传理论，蓝色眼睛是一种隐性遗传特征。如果父母双方都是蓝眼睛，他们的孩子一定也是蓝眼睛。如果父母双方中有一方是蓝眼睛，那么他们孩子可能是蓝眼睛，也可能是黑眼睛。如果父母双方都是黑眼睛，那么他们的孩子通常是黑眼睛，但是也有可能是蓝眼睛的，这主要取决于他们的祖辈。通常一个黑眼睛的母亲和一个黑眼睛的父亲，如果他们的祖辈都是黑眼睛，那么这种情况下，他们一般是不可能生出蓝眼睛的孩子的；而如果他们的祖辈中有人是蓝眼睛，那么他们生出蓝眼睛孩子的可能性就存在着。根据美国1976年的人口普查统计，美国男性眼睛的颜色40%是蓝色的、40%棕色的、12%是深褐色的和8%是绿色的。其中，白人中有85％的人眼睛呈蓝色。
其实，人类的蓝色眼睛和鸟类的彩虹色羽毛（参见《鹦鹉为什么有彩色的毛》），或者蝴蝶翅膀的颜色形成机理是有着根本性区别的。鸟类的彩虹色羽毛和蝴蝶翅膀的颜色是由于光线在薄膜结构表面干涉产生的，色彩的改变也是干涉结构改变引起的；而蓝眼睛是光线在毛发状的纤维质上瑞利散射造成的，眼睛的黑色则和有色物质有关。
